داستان مسئله سه جسم در سال 1966 آغاز می‌شود، زمانی که یک فیزیکدان جوان چینی به دلیل کارش به طور علنی محاکمه می‌شود.در مواجهه با انتخاب بین زندگی در حبس و همکاری با دولت، این فیزیکدان دانش خود را در خدمت دولت قرار می‌دهد.
با پرش داستان به سال 2024، متوجه می‌شویم که کار او با وقایع گروهی از دانشمندان دیگر در هم آمیخته که با توالی خودکشی برخی از آن‌ها و البته شکاف‌هایی در قوانین فیزیکی که این گروه کل کار خود را بر اساس آن بنا کرده‌اند، متزلزل شده است.
